РНКаза А представляет собой эндорибонуклеазу, которая специфически расщепляет одноцепочечную РНК с концов C и U. Она разделяет фосфодиэфирную связь между 5'-рибозой нуклеотида и фосфатной группой, связанной с 3'-рибозой соседнего пиримидинового нуклеотида.