Протеиназа К представляет собой эндолитическую протеазу, которая разрезает пептидные связи в карбоксильных участках алифатических, ароматических или гидрофобных аминокислот. Протеиназа К классифицируется как сериновая протеаза. Наименьшие пептиды, гидролизуемые этим ферментом, представляют собой тетрапептиды.